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Der Forschungsbereich bereitet gegenwärtig eine Neustrukturierung vor, die ab 2015 implementiert werden soll. Künftig wird es nur drei Programme geben: Im Programm „Materie und Universum“ werden alle grundlagen-orientierten Disziplinen – Teilchen- und Astroteilchenphysik, Physik der Hadronen und Kerne sowie Atom- und Plasmaphysik – zusammengeführt. Im zweiten Programm „Von Materie zu Materialien und Leben“ arbeiten die Betreiber von modernen Strahlungsquellen mit einer Nutzerschaft aus Natur- und Ingenieurwissenschaften sowie der Medizin zusammen, um neue Materialien und Wirkstoffe zu entwickeln sowie Phänomene in kondensierter Materie, elektromagnetischen Plasmen und in biologischen Systemen zu untersuchen. Das dritte Programm „Materie und Technologien“ wird sich mit neuen technologischen Konzepten u. a. auf den Gebieten Teilchenbeschleunigung, Detektorsysteme und der Weiterentwicklung von High Performance Computing- und Datenspeicherung beschäftigen. Mit der Neuordnung sollen Synergieeffekte verstärkt und Befähigungstechnologien für die Welt von morgen entwickelt werden.
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