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Fischer studierte an der Universität Erlangen-Nürnberg Mathematik und Geographie. Bereits Anfang der 1970er Jahre hatte er sich zum Ziel gesetzt, die mathematische Modellierung in der Geographie im allgemeinen und in der Wirtschaftsgeographie im besonderen voranzutreiben. Den beruflichen Weg ging Manfred M. Fischer von Anbeginn auf internationalem Boden. Seine Forschungs- und Lehrtätigkeit führte ihn sehr früh an die Oskar Lange Academy of Economics in Breslau und in die USA an die University of California in Santa Barbara, später nach Russland an das Keldysh Institut für Theoretische Physik und ab 1990 nach Asien, an die Chinese University of Hongkong sowie an die Chinesische Akademie der Wissenschaften in Peking. Dementsprechend sind seine Kooperationsnetzwerke weltweit gespannt: Fischer kooperierte stets mit internationalen Größen der Regionalwissenschaft wie Luc Anselin, Arthur Getis, Geoffrey Hewings, James LeSage, Peter Nijkamp, Folke Snickars, Aura Reggiani und vielen mehr.
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