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Lorsqu'il s'agit de faire une évaluation des avantages environnementaux en utilisant la MFD, deux méthodes principales sont utilisées pour attribuer une valeur (fonction d'évaluation économique) aux effets néfastes pour la santé. La méthode la plus facilement comprise par le grand public est celle qui mesure le coût effectif du traitement médical de l'effet sur la santé, ainsi que les autres coûts financiers occasionnés par la maladie, tels que la perte de revenu du patient et des membres de sa famille qui en prennent soin. Un concept d'évaluation économique plus large, privilégié par les économistes, fait appel à des mesures qui englobent toute la palette des conséquences subies par les personnes touchées et la société. Ces mesures englobent aussi bien les coûts financiers que les conséquences sur la qualité de vie. Dans les analyses des avantages appliquées, les économistes utilisent des valeurs économiques fondées sur des mesures inclusives pour chiffrer le plus grand nombre possible de paramètres de la santé. Pour les effets sur la santé au sujet desquels il n'existe pas de mesures inclusives, les économistes utilisent des évaluations basées sur des mesures financières, ce qui a pour conséquence de sous-estimer la pleine valeur des effets.
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