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Le saumon atlantique est une espèce d'eaux froides et, comme tous les poissons migrateurs, il fréquente des habitats différents selon les stades de son cycle biologique. Il revient de la mer pour frayer dans les cours d'eau douce. Les ouananiches, ou saumons d'eau douce, quittent momentanément les lacs pour frayer dans les cours d'eau affluents. Au Canada, le frai a lieu en octobre et en novembre, selon la région. Au cours de la montaison, les saumons atlantiques sont capables de franchir les obstacles qui les séparent des frayères. Les frayères sont habituellement les lits graveleux de rapides peu profonds, en amont ou en aval d'une fosse. La femelle creuse un nid avec sa nageoire caudale et, une fois les oufs fécondés, elle recouvre ceux-ci de gravier. Quelque 110 jours plus tard, soit en mai ou en juin, les oufs éclosent et les avelins émergent de la couche de gravier. Les jeunes saumons demeurent dans les eaux rapides jusqu'à ce qu'ils atteignent la taille de 65 mm (2,5 po). L'âge auquel les saumoneaux entreprennent leur voyage vers la mer varie selon les régions; de 2 à 3 ans dans les Maritimes, et de 4 à 8 ans dans la région de la baie d'Ungava au Québec. En mer, les saumons demeurent dans les estuaires, ou bien prennent le large. Ils peuvent se rendre jusqu'au Groenland à quelque 2 400 km (1 500 miles) de distance.
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