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La transition problématique du Soudan du Sud a été exacerbée par une classe dominante d’élites militaires concurrentes qui ont utilisé leur contrôle sur les forces régulières et irrégulières pour exploiter le processus politique comme un moyen de s’enrichir personnellement, d’influencer et de s’accaparer du pouvoir. Ces élites militaires exploitent également des tensions sociales de longue date, ce qui entraîne souvent des griefs politiques qui explosent en violence mortelle avec des connotations ethniques prononcées. La pratique remonte à la guerre civile entre le Soudan et l’Armée populaire de libération du Soudan (APLS), au cours de laquelle un réseau complexe de milices organisées au niveau tribal, beaucoup d’entre elles soutenues par le gouvernement de Khartoum, a régné sur de vastes étendues de territoire. Le plus grave des combats entre factions sudistes a eu lieu en 1991, lors d’un différend entre Riek Machar, à l’époque un haut commandant de l’APLS, et le fondateur du mouvement, le feu John Garang de Mabior, a tourné à la violence. À Bor, la ville natale de Garang, plus de 2 000 civils Dinka furent tués par des combattants Nuer fidèles à Machar. Dans la foulée, les disciples de Machar rompirent avec le Mouvement populaire de libération du Soudan (MPLS), creusant ainsi un profond fossé entre les élites Dinka et Nuer, fossé qui persiste à ce jour.
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