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Desde 1989 y hasta 1998, el Dr. José Miguel Barea Navarro fue director del instituto. En este periodo la EEZ consolida su estructura científica (personal, equipos y publicaciones), principalmente gracias a la internacionalización de su investigación, en la que diversos grupos de la EEZ intervienen en los diversos programas competitivos desarrollados por la UE. Las nueve unidades estructurales fueron entonces reorganizadas en cinco departamentos: Agroecología y Protección Vegetal; Bioquímica, Biología Molecular y Celular de Plantas; Microbiología del Suelo y Sistemas Simbióticos, Nutrición Animal; y Ciencias de la Tierra y Química Ambiental. El Dr. Juan Luis Ramos Martín se hizo cargo de la dirección de la EEZ en 1998 y permaneció hasta 2007. En 1999 la unidad de Nutrición Animal dejó físicamente la sede central de la EEZ y se estableció en Armilla, un pequeño pueblo cerca de Granada. En 2002 diversos edificios emblemáticos fueron renovados y comenzó la construcción de un nuevo edificio, que sustituiría a la anterior Casa Blanca. Este nuevo edificio fue inaugurado en mayo de 2005, junto con un nuevo auditorio, coincidiendo con la celebración del 50 aniversario de la EEZ. En este periodo, diez nuevos invernaderos fueron construidos con el fin de sustituir a los antiguos y diversos edificios fueron adaptados a nuevos usos tales como Biblioteca, laboratorios adicionales, cámaras de cultivo de plantas, etc. Este periodo puede considerarse como uno de los más fructíferos tanto para el desarrollo de infraestructuras como para incorporación de personal, relacionado principalmente con el desarrollo del plan estratégico 2005-2009 encomendado por el CSIC. En el marco de dicho Plan Estratégico, la EEZ fue reorganizada de nuevo en marzo de 2007 en los siguientes departamentos: Bioquímica, Biología Molecular y Celular de Plantas; Microbiología del Suelo y Sistemas Simbióticos; Protección Ambiental; y Geoquímica Ambiental. Además, el Departamento de Nutrición Animal comenzó su andadura hacia la creación de un instituto dentro de la estructura de la EEZ. Por otra parte, se iniciaron las gestiones para unir el Departamento de Geoquímica Ambiental al Instituto Andaluz de Ciencias de la Tierra, con el fin de desarrollar un nuevo Centro independiente encuadrado en el ámbito de las Ciencias de la Tierra.
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