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Les plans de gestion des pêches du Canada prennent en compte les incidences des pêches sur les écosystèmes touchés. Les stocks de poissons sont gérés de diverses façons : en attribuant des quotas à des flottilles de pêche entières, qui ensuite pêchent de façon concurrentielle ou encore donnent des pourcentages de leurs quotas à des individus ou à des entreprises, sous forme de quotas individuels (QI), de quotas individuels transférables (QIT) ou d'allocations aux entreprises (AE). D'autres types de pêches nécessitent un autre mode de gestion, comme le contrôle de l'effort de pêche (réduction du nombre de permis de pêche, restriction sur les types d'engins pouvant être utilisés, abrégement de la durée de la saison de pêche), suivi des échappées (combien de poissons « échappent » aux filets et retournent vers les frayères) et le suivi des prises accessoires (espèces non visées qui sont capturées accidentellement dans le cadre de pêches dirigées vers d'autres espèces).
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