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L’évêque en titre songe à envoyer son coadjuteur visiter les missions de l’Acadie à l’été de 1790. Mais les relations entre eux vont bientôt se gâter à propos d’un projet d’université et de la suppression de certaines fêtes chômées. Le 13 août 1789, le juge en chef William Smith, chargé d’enquêter sur l’éducation dans la province de Québec, avait écrit aux deux évêques pour demander leur avis sur la fondation d’une université mixte, c’est-à-dire neutre sur le plan religieux. Mgr Hubert accuse réception de la lettre le jour même, mais ne rend sa réponse que le 18 novembre, après avoir réfléchi, consulté et communiqué son mémoire à son coadjuteur. Le 26 novembre, le président de la première commission d’enquête sur l’éducation dans la province de Québec remet son rapport à lord Dorchester qui le publie en février 1790. Le 5 avril, Mgr Bailly écrit à son tour une lettre au président Smith, dans laquelle il se prononce en faveur du projet d’université mixte, prenant la contrepartie des arguments de Mgr Hubert, le traitant de rapsode, le menaçant même de la Révolution, feignant de croire au surplus que la réponse de l’évêque de Québec lui a été dictée par un autre. Le coadjuteur envoie d’ailleurs une copie de sa lettre à Mgr Hubert. Ulcéré de n’être point associé à la direction du diocèse, Mgr Bailly profite des circonstances pour attaquer de nouveau son évêque, et cette fois publiquement, dans
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