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Les protéines sont des éléments essentiels des produits biologiques, tels que les vaccins et les produits sanguins. Les protéines sont les ingrédients biologiquement actifs qui permettent au produit d'agir, tout comme l'acide acétylsalicylique (l'AAS) est l'ingrédient actif d'Aspirine®. Pour évaluer la qualité d'un produit biologique (par exemple, établir correctement les quantités d'ingrédients actifs ainsi que les impuretés), echantillons contenant un petit nombre de composés ainsi que des produits biologiques complexes, tels que les vaccins, doivent être caractérisée. Par ailleurs, il faut être en mesure d'étudier la grande variété de protéines présentes dans le sang ou les tissus pour découvrir les déterminants de la santé de l'organisme entier. Par exemple, la comparaison des taux normaux et anormaux d'un ensemble de protéines responsables d'une fonction particulière peut révéler une maladie ou un effet indésirable.
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