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Une souche de virus Y de la pomme de terre [Potato virus Y (PVY)] a été isolée au Nouveau-Brunswick (Canada) en 2007 après que l’on ait observé des symptômes inhabituels sur différents cultivars de pomme de terre. Pour déterminer l’identité de la souche PVY, nous avons procédé aux épreuves suivantes : épreuves biologiques sur la pomme de terre et le tabac, tests ELISA spécifiques des anticorps contre PVYO et PVYN et génotypage par RT‑PCR. Toutes ces épreuves ont montré que l’isolat, désigné ici PVYO‑FL, appartient au groupe PVYO. Les tests effectués en serre avec les cultivars de pomme de terre ‘FL 1533’ et ‘Jemseg’ ont permis de confirmer la gravité de l’infection au PVYO-FL. Nous avons déterminé la séquence complète des isolats PVYO‑FL et PVYO‑RB, le dernier étant un PVYO de virulence légère. L’analyse BLAST a révélé que les deux isolats présentaient une homologie de 97,1 sur le plan des nucléotides et de 98,5 % sur celui des polyprotéines. D’autres analyses BLAST ont montré que la souche PVYO‑FL présentait une homologie de séquence de 99,7 % avec la souche PVYO‑Oz isolée dans l’État de New York (É.-U.), tandis que l’isolat PVYO‑RB avait une homologie de séquence de 99,2 % avec le PVYO‑139, un PVYO isolé au Nouveau-Brunswick (Canada). L’arbre phylogénétique des séquences entières disponibles d’isolats de PVY a révélé deux sous-groupes dans la branche des PVYO, un dans lequel se trouvait le PVYO‑RB et l’autre, le PVYO‑FL. Nous avons mis au point des amorces pour différencier spécifiquement les deux sous-groupes et les avons évaluées. Une enquête restreinte sur des tubercules de pomme de terre prélevés dans une parcelle du Centre de recherches sur la pomme de terre, Agriculture et Agroalimentaire Canada, dans laquelle nous avons utilisé les nouvelles amorces a montré que 65,3 et 2,4 % des tubercules PVYO positifs étaient infectés par des isolats de PVYO des sous-groupes respectifs PVYO‑FL et PVYO‑RB. L’évaluation de la pathogénicité de trois isolats représentatifs de chacun des sous-groupes trouvés sur le cultivar ‘Jemseg’ a indiqué que les isolats de type PVYO‑FL provoquaient des symptômes graves, et ceux du type PVYO‑RB, des symptômes bénins.
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